De waterschapsverordening bevat regels voor waterkeringen en watergangen binnen het beheergebied van een waterschap.

Het waterschap heeft een functioneel karakter, daarom heeft de waterschapsverordening geen betrekking op de gehele fysieke leefomgeving, maar alleen op het watersysteem dat het waterschap beheert.
De waterschapsverordening bevat regels over:

• het gebruikmaken van een waterstaatswerk zoals waterkeringen, wateren, waterscheidingen, wegen, bemalingsinrichtingen, sluizen, duikers, stuwen en inlaat- en uitwateringsgeulen en havens
• het uitvoeren van activiteiten in een beperkingengebied
• het lozen van water op het oppervlaktewater
• het onttrekken van oppervlaktewater of grondwater 

Een beperkingengebied is een gebied rondom een werk of object, waarin vanwege de aanwezigheid van dat werk of object regels gelden (voorheen 'beschermingszone').

In tegenstelling tot de provincie en de gemeente heeft het waterschap niet de mogelijkheid om omgevingswaarden in de waterschapsverordening op te nemen.